Bernhard Siegert ist seit 2001 Gerd-Bucerius-Professor für Geschichte und Theorie der Kulturtechniken an der Fakultät Medien der Bauhaus-Universität Weimar. Er studierte Germanistik, Philosophie, Allgemeine und Vergleichende Sprachwissenschaft, Judaistik und Geschichte an der Albert-Ludwigs-Universität in Freiburg i. Br. Promotion 1991 an der Ruhr-Universität Bochum. Von 1993 bis 1998 war er wissenschaftlicher Assistent am Lehrstuhl für Ästhetik und Geschichte der Medien des Instituts für Kultur- und Kunstwissenschaft der Humboldt-Universität zu Berlin. Von 1998 bis 2001 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Zentrum für Literaturforschung Berlin, wo er 1999 das DFG-Forschungsprojekt "Europa – ein Verbund aus Codes, Medien und Künsten" gründete (zusammen mit Wolfgang Schäffner). 2001 Habilitation durch die Philosophische Fakultät III der Humboldt-Universität zu Berlin. 2006 bis 2008 war er Sprecher des von ihm mitbegründeten Graduiertenkollegs "Mediale Historiographien" an den Universitäten Weimar Erfurt und Jena.
1999 und 2000 war er Vertretungsprofessor für Vergleichende Bildtheorie und Kulturtheorie der Medien an der Friedrich-Schiller-Universität Jena, 2004/05 Senior Fellow am Internationalen Forschungszentrum Kulturwissenschaft (IFK) in Wien, 2008 und 2011 Max Kade-Professor an der University of California at Santa Barbara, 2015 Phyllis and Gerald LeBoff Visiting Scholar am Department for Media, Culture, and Communication der New York University, 2016 International Visiting Research Scholar am Peter Wall Institute for Advanced Study der University of British Columbia, Vancouver, Canada. 2017 war er Eberhard Berent Visiting Professor and Distinguished Writer in Residence at the Department of German, New York University und DAAD Visiting Scholar an der Faculty of English der University of Cambridge, UK. 2018 war Siegert Fellow der Kolleg-Forschergruppe "BildEvidenz" an der Freien Universität Berlin sowie Guest Lecturer am Department of Culture and Aesthetics der Universität Stockholm, Schweden. Im Frühjahr 2019 war er Visiting Professor am Department of Visual and Environmental Studies der Harvard University.
Von 2008 bis 2020 war Bernhard Siegert Direktor des von ihm zusammen mit Lorenz Engell gegründeten Internationalen Kollegs für Kulturtechnikforschung und Medienphilosophie.
Seit 2013 ist er außerdem Sprecher der DFG-Forschergruppe "Medien und Mimesis" an der Bauhaus-Universität Weimar.
Seit April 2021 leitet Bernhard Siegert das Projekt "THE NEW REAL. Past, Present and Future of Computation and the Ecologization of Cultural Techniques", das durch ein Research Grant der NOMIS-Foundation gefördert wird.