1837 wurde in Weimar der älteste noch bestehende Imkerverein Deutschlands gegründet, der Bienenverein Weimar. Bereits um 1900 fanden hier in Weimar regelmäßig Frühjahrsmärkte mit Imkereiprodukten und Geräten statt.

Es wurde 1907 vom "Thüringer Bienenvater" Pfarrer Dr. F. Gerstung als "Reichs-Bienenzuchtsmuseum gegründet. Damit ist es das älteste Bienenmuseum Deutschlands. Er übereignete seine Sammlung dem Städtischen Naturhistorischen Museum Weimar.

Unter Obhut des Deutschen Imkerbundes wurde es als gesamtdeutsche Einrichtung in den Räumen des städtischen naturhistorischen Museums Weimar betreut und u.a. vom thüringer Bienenprofessor August Ludwig erweitert.

Seit dem 50. Jubiläum 1957 präsentierte sich die Sammlung als "Deutsches Bienenmuseum" im ehemaligen Landgasthof "Goldener Schwan" in Oberweimar.

1973 erzwang der bedrohliche Gebäudeverfall die Schließung der vielbesuchten Spezialsammlung.

1985 kaufte die Stadt Weimar Grundstück und Gebäude Ilmstraße 3. Umfangreiche Sanierungsarbeiten begannen.

Seit 1994 ist das Bienenmuseum und sein Garten sind nun wieder in seiner vollen Pracht zu besichtigen.